Gracias a una serie de antiguos documentos, sabemos que los datos históricos de Valdelaguna se remontan a la época de Enrique IV, rey de Castilla y hermano de Isabel la Católica que le sucedió en el trono. Pudo ser que el propio Enrique IV, o bien, los Reyes Católicos, encomendaran a la familia de Fernando de Benavente de Quiñones esta Villa.

Es probable que fuera esta familia la que introdujo la devoción a Santo Toribio, patrón del pueblo.
Aunque existen pruebas de que la Patrona de Valdelaguna fue la Virgen de la Blanca, de la que podemos ver una imagen en la torre del campanario de la Iglesia; desde aproximadamente 1915, es la Virgen del Carmen la patrona del pueblo.

Según testimonios de algunos vecinos que conocieron la festividad de la Virgen de la Blanca, ésta se celebraba en el mes de septiembre y existen dos versiones del por qué del cambio de patrona. La más verosímil cuenta que la Hermandad de la Virgen del Carmen, que según archivos parroquiales ya existía en 1707, fue aumentando su número de adeptos, situación contraria a la de la Virgen de la Blanca, que perdió hermanos hasta su desaparición.

Por la información que aparece en el primer libro de bautismos del archivo parroquial parece ser que la Parroquia de Nuestra Señora de la Asunción, fue construida en el año 1518.

En cuanto a la localización del pueblo, antiguamente y hasta su posterior destrucción, la población se ubicaba en cuevas en la parte alta del municipio. Más tarde los vecinos eligieron las faldas de los montes donde hoy en día se encuentra el pueblo.
Valdelaguna fue escenario de grandes batallas como la Guerra de Sucesión (1701-1713), sirvió de centro de operaciones en la invasión Francesa y en la posterior Guerra Civil Española (1936-1939).